Vefa Lisesi'nde diğer liselerden farklı olarak yapılan uygulamalar şunlardır:

1. Sınıf Aile Birlikleri: Öğretim yılı başında her sınıftan seçilen en az üç veliden oluşur. Özellikle sorunların sınıf bazında çözümüne katkı da bulunur. Okul Aile Birliği ile eşgüdüm içinde çalışır.
2. Öğretmen Eğitimi: Branşlar ve pedagojik formasyon bazında Üniversitelerle işbirliği yapılarak öğretmenlere yerinde hizmetiçi eğitim imkanı sağlanmaktadır.
3. Veli Rehberliği: Okul Aile Birliği ve Rehberlik Servisi işbirliğiyle velilerin "genç-aile ilişkileri ve ergenlik sorunları" konularında uzmanlarca bilgilendirilmesi için düzenlenen etkinlikleri kapsamaktadır.
4. Üstün Başarı Bursu: Sınıflar bazında ilk üçe giren başarılı öğrencilere Vefa Kuruluşlarınca burs verilmektedir.
5. Veli Takdir Belgesi: Kılık-kıyafeti ve davranışlarıyla örnek olan öğrencilerin velilerine dönem sonlarında verilmektedir.
6. Sosyal Yardımlar: Muhtaç öğrencilere Vefa Lisesi Eğitim Vakfı, Vefalılar Derneği ve Okul Aile Birliği ile bazı Vefalı hayırseverlerce kitap, kıyafet, servis, yemek ve öğrenim bursu verilmektedir. 2006-2007 Öğretim yılında 12 Vefa Lisesi mezunu ile 60 lise öğrencisine öğrenim bursu verilmektedir.

Ayrıca muhtaç öğrencilere ve okul personeline kumanya yardımı yapılmaktadır. Son yıllarda Vefa mezunlarınca yatılı ve muhtaç öğrenciler yararına kurban bağışı yapılmaktadır. Vefa Derneğince yürütülen bu kampanyaya 2007 yılında Vefalılarca yapılan kurban bağışı 143'e ulaşmıştır.

Okul Aile Birliği zaman zaman Pansiyon öğrencilerine yönelik sosyal etkinlikler (çay, yemek, gezi, konser, tiyatro vb) düzenlemektedir.