2006-2007 Öğretim yılında 28 sınıfta toplam 726 öğrenci öğrenim görmektedir. Bu öğrencilerin 367′si kız, 359′u erkektir. Öğrencilerin sınıflara dağılımı şöyledir.
| Sınıf | Şube | Mevcut |
| Hazırlık | 5 | 141 |
| 10 Fen | 11 | 305 |
| 10 TM | 4 | 93 |
| 11 Fen | 7 | 124 |
| 11 TM | 2 | 49 |
| 11 Sosyal | 1 | 14 |
2005-2006 Öğretim yılında Hazırlık sınıfları kaldırılıp doğrudan 9. sınıfa öğrenci alındığı, 2006-2007 öğretim yılında ise yeniden Hazırlık sınıfı konduğu için bu öğretim yılında 9. sınıf bulunmamaktadır. 10. sınıfların bir kısmı 11., bir kısmı ise 12. sınıf sonunda mezun olacaktır. Bu duruma göre, Vefa Lisesi 2009-2010 öğretim yılında hiç mezun vermeyecektir.
Pansiyonda ise bu öğretim yılında 40′ı parasız yatılı, 38′i paralı yatılı olmak üzere 78 öğrenci kalmaktadır.